Under de sista årtiondena som Chydenius levde var han fortfarande aktiv, trots att han inte uttalade sig politiskt under hela 1780-talet. Han deltog dock en tredje gång i riksdagen i Gävle 1792. Den här riksdagen hade en liten betydelse eftersom kungen, som var rädd för en växande oppositionsanda, avbröt den genast i början.

Chydenius skrev fortfarande, bl.a. om framställningen av salpeter och opium, om vaccineringen mot smittkoppor men också om bebyggandet av Lappland och utvecklandet av Finlands jordbruk. Det mest omfattande skrivarbetet (över 1000 sidor) bestod dock av predikor, gjorda till en skrivtävling, vilka utkom 1781–85.

Chydenius verksamhet syns bäst i hans hemförsamling, där han förverkligade olika byggnadsprojekt. Det största projektet var tillbyggnaden av stenkyrkan från början av 1500-talet, vilket utfördes under åren 1786–89. Även stadens kyrka av trä förbättrades och nära staden byggdes en kyrkogård i tegel. Prästgårdens nya ekonomibyggnader byggdes i tegel eller sten. De representerade den tidens moderna byggnadssätt.

Chydenius blev utnämnd till kontraktsprost 1781. Till hans uppgifter hörde att bevaka det kyrkliga livet i kyrkosocknen Karleby, Kronoby, Kelviå och Lochteå. I hemsocknen var han i ledningen för den administrativa förvaltningen, som på den tiden inte var avskild från kyrkan. Han deltog med entusiasm i bl.a. planeringen av en väg till inlandet (mot Jyväskylä): sägnen berättar, att han själv märkte ut linjerna i terrängen.

Chydenius intresse för medicin fanns kvar under åren i Karleby. Han framställde mediciner och skrev recept och ibland utförde han någon liten operation. Under kriget som fördes mot Ryssland 1788–90, grundade han ett tillfälligt sjukhus i Gamlakarleby.

Chydenius var flitig att både skriva och läsa litteratur, och tydligen var det han som mycket bidrog till, att ett läsesällskap grundades i Gamlakarleby 1800, några år efter Vasa och Åbo. Läsesällskapen härstammade från USA (Benjamin Franklins The Library Company of Philadelphia) och Mellaneuropa. De var en slags början till den offentliga biblioteksverksamheten.