Herden
Förnuftet och Bibeln
Man har ofta ansett, att Chydenius var konservativ i sina religiösa åsikter. Hans teologiska ståndpunkter och den kyrkotukt han utövade, var dock inte på något sätt avvikande bland samtidens präster.
I Chydenius trosuppfattning förenas pietismen, som betonade människans personliga trosliv, samt tidens rationalistiska teologi, som t.ex. ansåg, att det var i enlighet med Guds avsikter om man strävade efter en världslig lycka. Därför var Chydenius` aktivitet i samhälleliga frågor inte på något sätt i konflikt med hans religiösa övertygelse, utan en oskiljaktig del av densamma.
Chydenius kontakt med sina församlingsmedlemmar var mycket intensiv. I prästgårdens stora sal höll man på söndagarna uppbyggelsemöten, som blivit berömda redan under åren i Nedervetil. En metod, som Chydenius speciellt använde, var ett samtal, med vilket han försökte ”upplysa, övertyga och röra” sina församlingsmedlemmar.
Erfarenheten och alla tiders Historier å daga lägga owedersägeligen, at under Guds wälsignelse äro mildhet, tolsamhet, uplysning och en saktmodig underwisning de enda medel, som rätteligen kunna omwända willfarande menniskor. Och ware långt ifrån oss alla, som utgöra Sweriges Rikes Presterskap, det misstroende til Guds Uppenbarade Ord och wår Heliga Evangeliska Lära, at wi skulle befara någon des rubning derigenom, om någre fremlingar, äfwen af andra Religioner, kunde inkomma, at ibland oss nedslå sina bopålar, om de icke genast wille den samma antaga, utan i stilhet och späkt, efter hwar sin öfwertygelse, skulle dyrka den Ewige och Alsmägtige Guden, alles wår Fader.
Religionsfriheten
Frågan om vilka rättigheter personer tillhörande främmande religioner hade att vistas i landet och här utöva sin tro var aktuell under hela 1700-talet. I bakgrunden fanns rent ekonomiska orsaker. Det ansågs önskvärt, att utländska yrkesmän flyttade in i landet. Å andra sidan hade många andliga auktoriteters åsikter sin verkan. Först Locke och Pufendorf, senare de upplysningsfilosofer som försvarade religionsfriheten.
Någon form av rättighet, att utöva sin religion, fick redan i början av århundradet de reformerta, senare de katolska och under Gustav III:s tid även judarna. Kyrkan motarbetade denna utveckling konsekvent.
Chydenius memorial
Gustav III ville även i religionsfrihetsfrågan visa sin upplysthet. I denna avsikt ordnade han under riksdagarna 1778–79 så, att man gjorde ett memorial om saken. Till framställare av memorialet fick man Anders Chydenius. Det var i samklang med hans åsikter, att befrämja denna sak. Troligen ville Chydenius även stärka sitt politiska inflytande i förhållandet till kungen.
I memorialet, som inte helt kan anses vara ett självständigt arbete av Chydenius, föreslår man en begränsad religionsfrihet åt personer som flyttat från utlandet. Prästeståndet motsatte sig memorialet medan de tre andra understödde.
Religionsfrihetsförordningen från år 1781, som berörde enbart kristna, förändrade utlänningarnas ställning endast litet och inte alltid till det bättre. T.ex. katoliker blev nu vanliga svenska undersåtar, vilket försämrade deras ställning betydligt.
Det är ömkeligit at läsa uti Historien om de Ängelska och Hålländska besittningarna uti Batavien;1 huru talrika de där boende hedningar voro tilförene och den otroliga mängd af varor som derifrån kunde utskeppas, men under det tyranniska herravälde hvarunder de nu stått en lång tid bortåt, är landet til större delen ödelagt, och antalet af inbyggare har minskats til två tredje delar. Man kan ei utan at fälla tårar betrachta Spanska besittningarna uti Mexico, där man får se det aldra härligaste land til stor del vara förstört genom uppenbart våld, och aristocratiska författningar. Menniskligheten blöder då man ser Hedningar under sina egna Förstar tilväxa i folkmängd och rikedomar men förstöras under ett herravälde, som bär namn af Jesu dyrbara lära. Otaliga exempel innom Europa öfvertyga oss om det samma.