Chydeniuksen elämän viimeiset vuosikymmenet olivat edelleen aktiivista aikaa, vaikka hän vaikenikin poliittisesti koko 1780-luvun. Hän osallistui tosin valtiopäiville vielä kolmannen kerran Gävlessä 1792, mutta nämä valtiopäivät jäivät vähämerkityksisiksi oppositiohengen kasvua pelänneen kuninkaan keskeytettyä ne alkuunsa.

Chydenius kirjoitteli edelleen, mm. salpietarin ja oopiumin valmistuksesta ja isorokkorokotuksesta mutta myös Lapin asuttamisesta ja Suomen maatalouden kehittämisestä. Laajin kirjoitustyö (yli 1000 sivua) muodostui kuitenkin kirjoituskilpailua varten syntyneistä saarnoista, jotka ilmestyivät 1781-85.

Näkyvimmän jäljen toiminnastaan Chydenius jätti kotiseurakunnassaan erilaisten rakennushankkeiden toteuttajana. Suurimittaisin oli 1500-luvun alusta peräisin olevan kivikirkon laajennus vuosina 1786–89. Myös kaupungin puista kirkkoa ehostettiin, ja kaupungin lähelle nousi tiilestä muurattu kalmisto. Pappila sai kivestä ja tiilestä rakennettuja talousrakennuksia, jotka edustivat aikansa moderneja rakennustapoja.

Chydenius nimitettiin vuonna 1781 lääninrovastiksi, jonka tehtäviin kuului valvoa Kokkolan, Kruunupyyn, Kälviän ja Lohtajan kirkkopitäjien kirkollista elämää. Omassa pitäjässään hän johti myös maallista hallintoa, jota ei vielä tuohon aikaan ollut erotettu kirkollisesta. Innolla hän osallistui mm. sisämaahan vievän tien suunnitteluun: tarinan mukaan hän merkitsi linjauksen omakätisesti maastoon.

Myös lääkintätoimen harrastus säilyi Kokkolan vuosina: Chydenius valmisti lääkkeitä ja kirjoitti reseptejä, ja suoritti silloin tällöin myös pieniä leikkauksia. Venäjää vastaan 1788–90 käydyn sodan aikana hän perusti Kokkolaan tilapäisen sairaalan.

Chydenius oli ahkera kirjallisuuden harrastaja sekä kirjoittajana että lukijana, ja ilmeisesti hän vaikutti osaltaan siihen, että Kokkolaan perustettiin lukuseura vuonna 1800, pari vuotta Vaasan ja Turun jälkeen. Lukuseurat, joiden esikuvat saatiin Yhdysvalloista (Benjamin Franklinin The Library Company of Philadelphia) ja Keski-Euroopasta, olivat eräänlainen julkisen kirjastotoiminnan esivaihe.